En la lista está incluido el controvertido Juan Barros, tras el escándalo por abusos sexuales de menores.
Barros, obispo de Osorno, en el sur del país, está acusado de encubrir los abusos sexuales cometidos por el sacerdote Fernando Karadima en los años 80 y 90.
Hace dos meses, Francisco admitió que había cometido un error grave al defender en principio al obispo Barros durante la visita papal a Chile, el pasado enero.
Los otros dos obispos cuya renuncia fue aceptada por la Santa Sede son Cristián Caro, obispo de Puerto Montt, y Gonzalo Duarte, obispo de Valparaíso.
El 18 de mayo, los 34 obispos de la Iglesia católica en Chile ofrecieron su renuncia al Papa después de sostener varias reuniones con él en el Vaticano.
Movimiento sin precedentes
Aquel movimiento sin precedentes sumió a la Iglesia católica del país latinoamericano en la que es seguramente la peor crisis de su historia.
Durante las reuniones en el Vaticano, Francisco les mostró a los obispos los resultados de la investigación de la Santa Sede sobre el caso de presunto encubrimiento por el obispo Juan Barros de los abusos sexuales cometidos por el sacerdote Fernando Karadima.
"Hemos puesto nuestros puestos en manos del Santo Padre y dejaremos que él decida libremente por cada uno de nosotros", informaron en aquel momento en una rueda de prensa desde el Vaticano.
Los obispos también pidieron perdón a Chile, a las víctimas de abusos y al Papa por el escándalo.
Reacción de las víctimas
La aceptación de la renuncia de estos tres obispos por parte del Papa fue recibida con alegría con algunas de las víctimas.
"¡Empieza un nuevo día en la iglesia Católica de Chile! Se van tres obispos corruptos y seguirán más. Emocionante por tantos que han luchado para ver este día. La banda de obispos delincuentes se empieza a desintegrar hoy", dijo por Twitter Juan Carlos Cruz, uno de los denunciantes del "Caso Karadima".
Hacía años que el obispo Barros era cuestionado en Chile por sus vínculos con Karadima, a quien tanto la justicia ordinaria como la eclesiástica consideraron responsable de abuso sexual de menores, perpetrados durante las décadas de 1980 y 1990.
Karadima fue suspendido de por vida de sus funciones y sus víctimas acusan a Barros de ser conocedor de sus crímenes y haberlos encubierto, algo que este último niega.
Tras aceptar la renuncia de tres de los obispos, el papa Francisco nombró a un administrador apostólico "sede plena" para cada diócesis.
Karadima, el caso que desató el escándalo
Fernando Karadima, desarrolló su carrera como sacerdote en la parroquia El Bosque, en la comuna de Providencia, en el noreste de Santiago, uno de los barrios más exclusivos de la capital chilena.
Tanto la justicia ordinaria como la eclesiástica lo consideraron responsable de abuso sexual de menores cometidos en los 80 y 90.
A finales de 2003, el cardenal Francisco Errázuriz recibió una queja formal, pero trató de persuadir a los agraviados de retirar las acusaciones.
Cuando estos insistieron, el cardenal suspendió la investigación por tres años. Luego la remitió al Vaticano.
No fue sino hasta 2011 -cuando algunas víctimas hicieron público el caso con la intención de realizar acusaciones criminales- que surgieron reacciones.
Ese mismo año, Karadima "fue retirado a una vida de oración y penitencia por el Vaticano". De acuerdo al informe publicado en aquel momento, Karadima sigue siendo sacerdote.
El religioso, sin embargo, no recibió una condena judicial ya que sus crímenes habían prescrito.